Die umfangreiche und stetig weiter wachsende Sammlung des Deutschen Apotheken-Museums bildet die wichtigste Grundlage für die vielfältigen Aufgabenstellungen des Museumsbetriebes.
Das Deutsche Apotheken-Museum arbeitet als professionell geführte Institution auf der Basis jener vier Säulen, die im "Internationalen Ethik-Codex der Museen" festgeschrieben sind. Dies umfasst das Sammeln von Objekten, das dauerhafte Bewahren derselben und sämtlicher verfügbarer Informationen dazu, das bestandsorientierte Forschen sowie das Vermitteln der auf dieser Grundlage gewonnenen Erkenntnisse an die Öffentlichkeit.