In einem früheren Teil der Schlossbefestigung, dem beeindruckenden kuppelüberwölbten „Apothekerturm“ aus dem 16. Jh., werden Einblicke in einen weiteren Arbeitsbereich des Apothekers gegeben: in das Laboratorium („Arbeitsraum“, von lat. labor). Unabdingbar waren hier Feuerstellen, deren Wärme zur Durchführung vieler Herstellungsprozesse benötigt wurde.
Die Entwicklung der Alchemie spielte für die Laborausstattung eine zentrale Rolle. Obwohl die arabische Alchemie ab dem 12. Jh. im mittelalterlichen Europa zunehmend bekannter wurde, nutzte man zunächst nur wenige ihrer Techniken und Methoden zur Arzneigewinnung. Erst ab dem 15./16. Jh. kam es in der Nachfolge von Paracelsus (1493/94 bis 1541) zu einer breiteren Rezeption, und bald war beispielsweise die Destillation aus der Pharmazie nicht mehr wegzudenken. „Gebrannte Wässer“, (lat. aqua vitae, Lebenswasser) und ätherische Öle erfreuten sich dabei nicht nur in der Heilkunde großer Beliebtheit.
Zeitgenössische Abbildungen des 16./17. Jh. dienten für Inszenierungen in diesem Raum als Vorbild, z.B. für die an den Wänden umlaufend aufgestellten Öfen. Unübersehbar in der Mitte des Raums ist der Nachbau eines besonderen Ofens des 16. Jh., eines so genannten Bequemlichkeitsofens (auch: „Fauler Heinz“). Der Kohlenspeicher im Hauptturm ermöglichte eine lange und unbeaufsichtigte Brenndauer, worauf sein Spitzname verweist. Langsam und lange bei konstantem Feuer brennend, war er für viele Herstellungsvorgänge ideal. In die seitlich angeschlossenen kleineren Öfen strömte die gleichmäßige Wärme vom Hauptturm aus, sie konnten aber auch separat beheizt werden.
Auf Regalen entlang der Wände sind typische Laborgerätschaften angeordnet, so z.B. ein Teil der weltweit größten Sammlung technischer Gläser: Gläserne Destillierhelme und Retorten, Florentiner Flaschen zur Trennung von Öl und Wasser, Salbenmühlen, Schmelztiegel und viele andere typische Laborgefäße auch aus Keramik und Metall werden gezeigt. Nach Arbeitstechniken getrennt werden außerdem verschiedene großformatige Arbeitsgeräte vorgestellt, darunter mächtige Pressen, wie das eicherne Schwergewicht aus der Löwen-Apotheke Landshut (Abb. 2).
Beispielhaft für jüngere Zeiten sind auf einem Tisch des 19. Jh. Berzeliusbrenner, Woulffsche Flaschen, Mikroskope, ein Polarisationsapparat (Abb. 4), Analysewaagen und viele andere Geräte des analytischen Laboratoriums zu sehen.